Ziel des Projektes ist es, die Rechenleistung moderner HPC-Systeme optimal für Anwendungsprogrammierer nutzbar zu machen und auf allen gängigen Hochleistungsrechnern ohne Veränderung des Quellcodes eine hohe Performance zu erreichen. Einzelne Rechenknoten sind inzwischen derart komplex, dass verschiedene Speicher- und Parallelitätsebenen gezielt berücksichtigt werden müssen, um dies zu erreichen. Die gängigen Hardware-Konzepte unterscheiden sich nicht nur deutlich voneinander, sondern erfordern auch komplett unterschiedliche Programmiermodelle für die Anwendungssoftware. Dazu kommt, dass die Systeme aus immer mehr homogenen oder heterogenen Rechenknoten bestehen, deren Zusammenarbeit für die effiziente Lösung großer Probleme, die die gesamte Rechenleistung des Systems erfordern, entscheidend ist. Auch hier gibt es sehr unterschiedliche Konzepte, die je nach Anwendung und System als optimal gelten.
Um diese Ziele zu erreichen, sollen durch Mephisto Datencontainer und Algorithmen zur Verfügung gestellt werden, die Anwendungsprogrammierer in die Lage versetzen, das Leistungspotenzial ohne spezielle Kenntnisse in der Parallelprogrammierung auszuschöpfen. Diese Datencontainer verteilen nicht nur automatisch die Daten über den gesamten Hochleistungsrechner, sie erlauben auch eine portable Programmierung von Beschleunigerarchitekturen, wie sie in heterogenen Rechenknoten heutzutage verfügbar sind.