Im Projekt „Rechenzeitoptimierte Exascale-Simulationen für biomedizinische Anwendungen (FlexFMM)“ sollen Wechselwirkungen zwischen Biomolekülen realistisch simuliert werden, um Fortschritte in der Biomedizin voranzutreiben. Dadurch sollen ein besseres Verständnis von Krankheiten ermöglicht und die Entwicklung neuer Medikamente beschleunigt werden. Das vom JSC koordinierte Projekt entwickelt daher ein flexibles Elektrostatik-Modul für den quelloffenen Molekulardynamik-Code GROMACS, das auf der schnellen Multipolmethode (Fast Multipole Method, FMM) basiert. Diese Methode umgeht bisherige Skalierungsprobleme und ermöglicht realitätsnahe Simulationen von großen Biomolekülsystemen. Die erweiterte Elektrostatik berücksichtigt auch dynamische Protonierungen von Biomolekülen, um Simulationen in zellulären Umgebungen genauer abzubilden. Zudem erleichtert die gitterfreie FMM die Simulation komplexer Systeme wie Aerosole und Wasserstrahlexplosionen. Mit dem Hintergrund, Hard- und Software möglichst effizient zu nutzen, konzentriert sich FlexFMM auf prototypische, ARM-basierte Hardware des Kooperationspartners ­SiPearl mit SVE-Vektoreinheiten und HBM-Speicher. Das Projekt wird durch das BMBF-Programm ­SCALEXA für 3 Jahre gefördert. Weitere Informationen: go.fzj.de/flexfmm