NGSgoesHPC
Next Generation Sequencing-Datenanalyse auf HPC-Infrastrukturen

Aktuelle Geräte zur DNA-Sequenzierung, wie sie bei den Projektpartnern Cologne Center for Genomics (CCG), dem biotechnologischen Zentrum (BioTec) der Technischen Universität Dresden und der ATLAS Biolabs GmbH im Einsatz sind, können ein Genom in wenigen Tagen entschlüsseln. Die Kombination des Einsatzes von Sequenzierautomaten der neuesten Generation mit einer effizienten Nutzung aktueller Rechnerarchitekturen ermöglicht es, genetisch bedingte Erkrankungen schneller aufzuklären und, wie beispielsweise im Falle von Krebserkrankungen, Therapieentscheidungen von einem solchen „Genom-Check“ abhängig zu machen. Dabei anfallende große Datenmengen müssen, bei vertretbaren Kosten, in kurzen, klinisch sinnvollen Zeiträumen komplexen Analysen unterworfen werden. Dazu ist die Effizienzsteigerung geeigneter Programme auf Hochleistungsrechnern unabdingbar.